用化學合成法或基因重組法制備含有已知化學結構決定簇的抗原，稱之為人工抗原。它可包括人工結合抗原、人工合成抗原和基因重組抗原。無論對免疫學理論研究和分子疫苗的制備都具有重要意義。
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將無免疫原性的簡單化學基團與蛋白質載體偶聯，或將無免疫原性的有機分子如二硝基苯（DNP）或三硝基苯（TNP）與蛋白質載體結合，形成載體-半抗原結合物，均屬人工結合抗原。應用此種抗原證明了抗原與抗體特異結合的化學基礎，以及在抗體生成過程中T與B細胞的協同作用。
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用化學方法將活化氨基酸聚合，使之成為合成多肽，只由一種氨基酸形成的聚合體稱為同聚多肽，如由左旋賴氨酸形成的共同聚多肽（PLL）。由二種或二種以上氨基酸形成的聚合多肽稱為共聚多肽，如由酪氨酸、谷氨酸與多聚丙氨酸和賴氨酸組成的聚合成多肽（T、G）-AL。應用這種人工合成多肽可研究氨基酸種類、序列與蛋白質抗原性及免疫原性的關系，也可研究機體遺傳性與免疫性的關系。
對天然蛋白質抗原性的研究證明，任何一個氨基酸片段，只要具有合適的構型，都有抗原性，甚至一小段合成的小肽與合適的載體相聯接，也能誘導產生抗體，并能與其天然分子構型相結合，這就提示，可根據天然蛋白質抗原的免疫原性片段進行氨基酸序列分析，或由其編碼DNA推導的氨基酸序列，進行構建人工合成多肽疫苗。
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近年來由于分子生物學技術的進步，已有可能將編碼免疫原性氨基酸序列的基因克隆化并與適當載體（如細菌?；虿《荆〥NA分子相結合，然后引入受體細胞中（如原核細胞的大腸桿菌或真核細胞酵母菌及哺乳類動物細胞）使之表達，即能獲得免疫原性之融合蛋白，經純化后可做為疫苗，此即基因工程疫苗。
應用分子生物學技術制備基因重組疫苗的另一進展，是將目的抗原決定簇的DNA序列插入另一種比較安全的活病素基因組中（如牛痘苗），制備所謂重組感染載體多價疫苗。
隨著70年代分子病毒學的發展，特別是對病毒基因的結構、功能與復制方面知識的積累，為迅速研制病毒亞單位疫苗、合成多肽苗以及基因工程疫苗奠定了基礎。人工抗原
一些重要病毒如乙型肝炎病毒、脊髓灰質炎病毒、皰疹病毒以及流感病毒等的蛋白質多肽，都已利用基因工程進行了成功的表達，有的已進入臨床試驗階段。我國也報導了正在進行研制基因工程乙型肝炎病毒疫苗和在牛痘苗表達系統中研制乙肝病毒的重組感染載體的多價疫苗。
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